SALA IV. Fase media dell'Eneolitico. Intorno alla metà del III millennio a.C. Cultura di Pianoconte (dall'eponima stazione di Lipari). Ceramica di impasto bruno dello stile di Pianoconte con caratteristica decorazione a larghi solchi; frammenti di ceramica dipinta dello stile di Serraferlicchio, dalla Sicilia. Eneolitico superiore: ultimi secoli del III millennio a.C. Cultura di Piano Quartara (dall'insediamento eponimo dell'isola di Panarea). Insediamento di c.da Diana. Ceramiche dello stile di Piano Quartara che mostrano contatti con le culture tardo-eneolitiche della Sicilia.
SALA V. Prima età del Bronzo. Cultura di Capo Graziano. Prima fase: primi secoli del II millennio a.C. Abitato nella piana di Lipari e necropoli ad incinerazione di c.da Diana.
SALA VI. Prima età del Bronzo. Fasi evoluta e finale della Cultura di Capo Graziano: XVIII-XV secolo a.C. Abitato sulla rocca del Castello: capanne della fase "verde" (per quest'abitato e per i successivi dell'Età del Bronzo ci riferiamo ai colori che differenziano le varie fasi nelle planimetrie e nelle sezioni sui tabelloni didattici nelle due trincee di scavo sul Castello ed all'interno del Museo). Ceramica dello Stile di Capo Graziano, a partire dalla prima metà del XVI secolo a.C.. Ceramiche dipinte di importazione egea protomicenee (miceneo I e II a). Media età del Bronzo. Cultura del Milazzese: fine del XV prima metà del XIII secolo a.C. . Abitato sulla rocca del Castello: capanne della "fase rossa". Ceramica dello stile del Milazzese con forme e decorazioni tipologicamente affini a quelle della cultura siciliana di Thapsos. Ceramica dipinta micenea (Miceneo IIA e III iniziale). Marche e contrassegni di tipo Egeo su ceramica locale.
